以下目录结构摘自QYKCMS4.3.1，目录结构一般情况下不会有大的变动，如进行较大调整，本文将会更新说明，仅是轻微变动时本文不另行修改。这里将列出部分主要的目录并作详细说明。
| 文件/文件夹 | 说明描述 |
|---|---|
| admin_system | 后台程序文件目录，该文件夹名称可自由修改，如有修改，在登录后台软件时需将后台目录名称设置为新的名称才能登录 |
| ― backup | 后台-高级管理-数据库备份，执行备份后，数据库备份文件会保存在此目录下，为安全起见，可下载到本机保存 |
| ― include | 后台程序文件主目录 |
| ― res | 后台脚本文件目录 |
| ― update | 更新程序脚本文件存放目录 |
| ― api.php | 后台接口主文件 |
| ― index.html | |
| ― update.php | 自动更新程序文件 |
| images | |
| ― face | 表情图片文件 |
| ― filetype | 文件类型小图标 |
| ― ui | QYKCMS内置框架所用到的图片文件 |
| ― b.gif | |
| ― style.css | QYKCMS内置框架样式 |
| include | 该目录下主要存放QYKCMS前台系统核心程序文件，下面的说明仅列出部分文件 |
| ― lang | 存放语言包文件，PHP文件调用 |
| ― class_calendar.php | 日历（该日历通常用于博客） |
| ― class_ip.php | 根据IP地址查询地区 |
| ― class_mysql.php | 数据库操作类 |
| ― class_page.php | 分页脚本 |
| ― class_smtp.php | smtp邮件操作 |
| ― class_temp.php | 系统解析标签核心文件 |
| ― class_thumb.php | 缩略图生成 |
| ― class_yzm.php | 验证码生成 |
| ― common.php | |
| ― config.php | 系统基础配置文件，请在后台修改基础配置，如非必要不建议手动修改此文件 |
| ― config_db.php | 数据库设置保存文件，如数据库设置信息发生改变，请编缉此文件，建议使用 notepad+ 软件编缉，不建议使用记事本，将会损坏文件编码 |
| ― lib_module.php | |
| ― lib_post.php | 主要用于处理用户提交的数据 |
| ― lib_special.php | |
| install | 安装程序文件目录 |
| ― data | |
| ― images | |
| ― theme | 安装程序默认主题目录 |
| ― footer.php | |
| ― header.php | |
| ― index.php | |
| ― lib.php | |
| ― setup_1.php | |
| ― setup_2.php | |
| ― setup_3.php | |
| ― start.php | |
| js | |
| ― lang | 存放语言包文件，js脚本文件调用 |
| ― skins | 日历样式 |
| ― chinesemoney.js | |
| ― lhgcalendar.min.js | 日历脚本文件 |
| ― min.js | jQuery |
| ― tczAppsui.js | QYKCMS内置框架脚本文件 |
| res | |
| ― jquery.mobile | jQuery移动端框架 |
| ― SyntaxHighlighter | 代码语法高亮插件 |
| ― theme | 内置主题存放目录，可将下载的主题安装包上传到此目录下，后台安装主题即可直接选择此目录下的主题 |
| ― Bleeding_Cowboys.ttf | 字体文件 |
| ― map.html | 百度地图 |
| ― qqwry.dat | 纯真IP地址库，可自行下载更新 |
| template | 站点模板主目录，如需修改网站主题模板，除了进入后台-主题模板下修改外，也可直接修改此目录下的文件，该目录在系统更新时不会受到影响 |
| upload | 站点上传主目录，可将此目录设置为不可运行脚本 |
| api.php | 前台系统接口文件 |
| index.html | |
| readme.txt | 当前版本更新日志 |
